Vor dem Hintergrund eines gesellschaftlichen Wertewandels und bundesdeutscher Gesetzesänderungen (u.a. war durch die Strafrechtsreform vom 1.9.1969, die Arbeitshaushaft abgeschafft worden) wurde die Landesarbeitsanstalt Brauweiler im Jahr 1969 geschlossen. Da die anstaltseigenen Betriebe und die vorhandene Infrastruktur ideale Bedingungen für eine weitere medizinische Nutzung zu sein schienen, wurde die Liegenschaft als Landeskrankenhaus Brauweiler mit einem Schwerpunkt auf der Behandlung von Suchtkranken weiter betrieben. Dies brachte aber bereits in der Vorbereitung Probleme mit sich. Personell war die Landesarbeitsanstalt Brauweiler einem Krankenhausbetrieb mit Suchtschwerpunkt nicht gewachsen, da erhebliche Unterschiede in der Art und Weise bestanden, wie mit Suchtkranken umgegangen wurde:
1. Anfangs fehlte es besonders an ärztlichem Personal, da bis 1969 nur drei Fachärzt*innen für Neurologie und Psychiatrie in Brauweiler tätig waren.
2. War bis auf elf ausgebildete Pfleger*innen, nur aus dem Aufsichtsbereich stammendes Personal angestellt. Diese Mitarbeitenden ließ der Landschaftsverband Rheinland zunächst in anderen Landeskrankenhäuser hospitieren, um zu Pflegepersonal umgeschult zu werden.
3. Bedingte die veränderte Umgangsweise die Notwendigkeit eines anders geschulten Personals. Während die in der Arbeitsanstalt angewandte Zwangsarbeit das Verhalten der eingelieferten Personen korrigieren sollte und daher eher Aufsichtspersonal benötigt wurde, verfolgte die klinische Herangehensweise eine tatsächliche Behandlung der Suchtkranken, die deren Suchtprobleme als Krankheit ansahen und durch Therapie und Medikation die Ursachen dieser Sucht in den Griff zu bekommen suchten. Hierfür war jedoch medizinisches Personal notwendig und nicht wie zuvor Personal des Justizvollzugs.
Dr. Reinhard Mangliers, der die konzeptionelle Vorbereitung seit 1968 übernommen hatte, ließ sich jedoch bereits 1971 in ein anderes Landeskrankenhaus (LKH) versetzen, da er es trotz vielfältigster Bemühungen nicht geschafft hatte, die Personalsituation in Brauweiler zu verbessern. Für ihn übernahm - bis zur Schließung des Landeskrankenhauses Brauweiler - Dr. Fritz Stockhausen die Leitung.
Nachdem man 1971/72, auch auf Grund öffentlich gewordener Missstände, feststellen musste, dass das ursprüngliche Konzept einer Einrichtung für Suchtkranke aus dem gesamten Rheinland nicht tragfähig war, entschloss sich der LVR zum 1.4.1972, das Krankenhaus in eine allgemeinpsychiatrische Einrichtung mit definiertem Versorgungsgebiet umzuwandeln. Dieser Änderung vorausgegangen war eine öffentliche Aktion von Brauweiler Ärztinnen und Patient*innen, die Reformen forderten. Sie wehrten sich gegen die Behandlung von Patient*innen wie zu Zeiten der Landesarbeitsanstalt. Zum Hintergrund hierzu ist zu bemerken, dass die arbeitsanstaltseigenen Betriebe zum Großteil fortgeführt wurden und die Patient*innen dort zu arbeiten hatten. Das Fortführen der klinikeigenen Betriebe hatte jedoch nicht nur einen arbeitstherapeutischen Hintergrund, sondern stellte für das Landeskrankenhaus Brauweiler auch einen erheblichen betriebswirtschaftlichen Faktor dar, da hier u.a. die Wäsche für andere Krankenhäuser gewaschen oder Vorbereitende Schritte wie das Schälen der Kartoffeln für die Kantine der Zentralverwaltung des LVR in Köln-Deutz vorgenommen wurden. Mit dieser Änderung der Nutzung war dem Landeskrankenhaus Brauweiler das Psychiatrie-Versorgungsgebiet des Landkreises Köln und die Suchtkrankenversorgung des linksrheinischen Kölns übertragen worden.
Doch auch im weiteren Verlauf des Krankenhauses blieb der ärztliche Betreuungsschlüssel ein Stein des Anstoßes. Nicht nur die Klinikleitung und Teile des Personals kritisierten immer wieder die angespannte Personalsituation, sondern auch die Patient*innen trugen dies spätestens 1975 in die Öffentlichkeit. Auf Grund des angesprochenen Betreuungsschlüssels, bei welchem im Jahresdurchschnitt auf einen Arzt/eine Ärztin 42 Patient*innen kommen, wurde von den Patient*innen besonders das fehlende Patientengespräch bemängelt. Dies führte dazu, dass das LKH Brauweiler im Laufe der Jahre mehrfach der öffentlichen Kritik und Beobachtung ausgesetzt wurde. Hierdurch wurde festgestellt, dass in Brauweiler trotz des Manglier’schen Konzepts keine wirkliche Therapie stattfand. Die Patient*innen, die ohne Therapie auskommen mussten, wurden weiterhin zur Arbeit in den krankenhauseigenen Betrieben angehalten.
Patient*innen mit schwereren psychischen Erkrankungen hingegen wurden trotz angestoßener bundesweiter Psychiatriereformen meist nur medikamentös behandelt, ohne dass irgendeine andere Form der Therapie stattgefunden hätte.
Zwar war der ärztliche Leiter des Krankenhauses, Dr. Stockhausen, in seinen Anfangsjahren durchaus um Reformen bemüht gewesen, doch auf Grund der personellen und baulichen Situation in Kombination mit internen Streitigkeiten und eigenen krankheitsbedingten Problemen setzte sich bei ihm ein stark autoritär geprägter Führungsstil durch, der keine Reformen mehr zuließ. Eine seiner ersten Maßnahmen, die durchaus reformorientiert war, war es Fixierungen auf das Nötigste zu begrenzen. Doch gelang es ihm nicht, dies unter seinen Kolleg*innen zu etablieren.
Des Weiteren führte die durch ihn veranlasste Abnahme der Fenstergitter und seine Anweisung, die Fenster nicht abzuschließen, dazu, dass vermehrt Patient*innen unter der Gefahr für Leib und Leben aus dem Krankenhaus entweichen konnten. Spätestens im Laufe des sogenannten Brauweilerskandals führten diese Entwicklungen 1978 zu Ermittlungen durch die Kölner Staatsanwaltschaft unter der Leitung von Oberstaatsanwältin Maria Th. Mösch. Frau Mösch ermittelte, da bei den Kölner Polizeibehörden mehrere Anzeigen durch die Sozialistische Selbsthilfe Köln (SSK) gegen Leitende Mitarbeitende des LVR und des Landeskrankenhauses Brauweiler eingegangen waren. Im Vorfeld dieser Anzeigen hatten Mitglieder des SSK regelmäßig Patient*innen besucht und vermuteten, dass eine Patientin im LKH Brauweiler, auf Grund ihres Krankheitsverlaufs, an einer Übermedikation verstorben war. Der SSK erstattete u.a. Anzeige gegen den Klinikleiter und den behandelnden Arzt, demonstrierte öffentlich und wandte sich an die Presse. Hierdurch kam eine Skandalisierung des Landeskrankenhauses Brauweiler ins Rollen, in deren Verlauf der LVR die Einrichtung schloss.
Doch selbst nach dem zunächst verhängten Aufnahmestopp kam es zu weiteren Todesfällen, die in engem Zusammenhang mit der Personalsituation und den baulichen Faktoren standen. Die Ermittlungskommission um Maria Th. Mösch kam zu demselben Ergebnis wie der SSK und deckte noch weitere Missstände in Brauweiler auf. Dies führte in der Folge dazu, dass mehrere Pfleger*innen und Ärzt*innen verurteilt wurden.
Das Landeskrankenhaus Brauweiler wurde auf Beschluss des Landschaftsausschusses Ende Mai 1978 geschlossen und einer kulturellen Nutzung zugeführt. Die verbliebenen Patient*innen wurden auf andere Landeskrankenhäuser verteilt oder vorzeitig entlassen. Das Personal, soweit es nicht in den Kultureinrichtungen des LVR weiter beschäftigt werden konnte, wurde in andere psychiatrische Einrichtungen des LVR versetzt oder frühzeitig in den Ruhestand verabschiedet. Damit endete das erzieherisch-medizinische Kapitel der Abtei Brauweiler endgültig, und kulturelle Belange zogen nach über 170 Jahren wieder in die Gebäude ein.